Қазіргі уақытта госпитальдар құрылымында 16 филиал бар. Жалпы госпитальдар бойынша стационарлық төсек орындардың орташа жылдық саны 1630 құрайды, соынмен қатар хирургиялық – 633, терапевтік – 997, шаруашылық есептік – 415. Филиал емханаларының жалпы қуаты ауысымына 4 353 қабылдауды құрайды, филиалдардың емханалық бөлімдері бекітілген 225 542 тұрғынға қызмет көрсетеді. Медициналық жәрдем 31 дәрігерлік мамандық бойынша көрсетіледі.

1. АМТГ АҚФ «Орталық жол ауруханасы» Астана қаласы

2. АМТГ АҚФ «Ақтөбе темір жол ауруханасы» Ақтөбе қаласы

3. АМТГ АҚФ «Алматы темір жол ауруханасы» Алматы қаласы

4. АМТГ АҚФ «Оқу-клиникалық орталығы» Алматы қаласы

5. АМТГ АҚФ «Атырау темір жол ауруханасы» Атырау қаласы

6. АМТГ АҚФ «Жамбыл темір жол ауруханасы» Жамбыл қаласы

7. АМТГ АҚФ «Защита темір жол ауруханасы» Защита қаласы

8. АМТГ АҚФ «Қазалы темір жол ауруханасы» Қазалы қаласы

9. АМТГ АҚФ «Қарағанды темір жол ауруханасы» Қарағанды қаласы

10. АМТГ АҚФ «Көкшетау темір жол ауруханасы» Көкшетау қаласы

11. АМТГ АҚФ «Қостанай темір жол ауруханасы» Қостанай қаласы

12. АМТГ АҚФ «Қызылорда темір жол ауруханасы» Қызылорда қаласы

13. АМТГ АҚФ «Павлодар темір жол ауруханасы» Павлодар қаласы

14. АМТГ АҚФ «Семей темір жол ауруханасы» Семей қаласы

15. АМТГ АҚФ «Орал темір жол ауруханасы» Орал қаласы

16. АМТГ АҚФ «Шымкент темір жол ауруханасы» Шымкент қаласы